A partir da parceria firmada com a Secretaria Municipal de Educação de São Paulo (SME), o Liceu Coração de Jesus oferece 500 vagas para os ensinos infantil e fundamental I, ambos em período integral. 
A oferta dessas vagas ocorre por meio  do sistema da própria SME. Os alunos são distribuídos às unidades de ensino por georreferenciamento, levando em conta o endereço do aluno e da escola. Os estudantes que, por sua vez, não forem selecionados para estudar no Liceu, podem pleitear transferência.